Este escudo al igual que su bandera, fueron aprobadas el 12 de octubre de 1976. Veamos su significado.
Descripción técnica: En campos de gules, tres flechas de plata puestas una en palo y dos en aspa, sus puntas hacia abajo, liadas de sinople; y movientes de la punta del escudo unas montañas de sinople, perfiladas de plata, que muestran frontones del mismo metal. Al timbre, corona mural de plata de tres torres mazonada de sable y adjurada de gules, y rodeado el escudo por una rama de cafeto, frutada, colocada a su diestra, y un tal lo de caña de azúcar con sus hojas colocándose a la siniestra, todo al natural. Bajo el escudo podrá ponerse, en letras negras sobre listel blanco, el antiguo nombre de la población.
Simbolismo: El escudo de San Sebastián reúne tres simbolismos: religioso, patriótico, y geográfico, todos referentes a su tradición histórica.
Las tres flechas: representan al Santo Patrono de la población, San Sebastián Mártir, con cuyo nombre se in viste oficialmente el pueblo del Pepino en el año 1869. Las flechas o saeta constituyen el atributo de este santo, que según inmemorial tradición fue muerto a flechazos por sus perseguidores, dando de este modo testimonio ele la fe. Las flechas aparecen en un antiguo sello de la población dando margen a que se perpetúe el uso de su simbolismo. También figuró este emblema en el primer esbozo para escudo de San Sebastián, realizado por don Pedro Tomás Labayen en el año 1955.
El color rojo: del escudo tiene además otro simbolismo que el de mártir por la fe. Recuerda el hecho de que fue en San Sebastián el primer pueblo de Puerto Rico en que en el curso de acción bélica, se derramó sangre por la libertad nacional de Puerto Rico. Fue en efecto, en la plaza del pueblo, junto a la iglesia parroquial, donde el 24 de septiembre de 1869, cayeron abatidos por las descargas de los milicianos leales del régimen español, Venancio Román y los demás patriotas que de Lares vinieron con el propósito de ocupar el cuartel de milicias de El Pepino.
Las montañas: con sus frontones plateados, representan los característicos montes «pepinos», que dominan la población de los cuales deriva éste su nombre primitivo.
La superposición de las montañas verdes sobre el fondo rojo del escudo constituye una deliberada infracción de la ley heráldica que prohíbe colocar un color sobre otro. Se hizo así con el propósito de singularizar el escudo y destacar el excepcional hecho histórico en él representado.
La Corona Mural: La corona es la insignia heráldica utilizada para identificar el escudo de pueblo, villa o ciudad. En nuestro caso, pueblo. Simboliza la defensa y conservación de las tradiciones municipales y la unión de propósitos que debe reinar entre los habitantes de un municipio.
Las ramas de cafeto y de caña de azúcar: que rodean el escudo representan los principales productos agrícolas de la zona donde se asienta la población.