Localizado en las márgenes de la Cordillera Central, San Sebastián recibe una voluminosa cantidad de lluvias que mantienen sus terrenos húmedos y productivos. Entre los ríos de vasta extensión están el Culebrinas y el Guacio. El primero, cuyas abundantes aguas de buen gusto surtían a la mayor parte de los habitantes para 1846, nace en la entonces denominada «Cuchilla del Pepino» (en Lares), atravesando el partido hasta desaguar en el mar inmediato al pueblo de Aguada. El Guacio es el más caudaloso de ambos ríos gozando de unas 15 millas de longitud. Nace en Adjuntas en la Sierra de Aguileras, serpenteando por Lares y pasando al Sur del pueblo de San Sebastián, sigue su curso hasta desembocar en las playas de Añasco y Mayagüez en donde se nombra Río Grande.
Es cuantioso el número de quebradas y ríos que fluyen por San Sebastián; entre ellos: Río Guajataca (alias) Tuna, Río Sonador, Río Guatemala, Río Cibao, Río Juncal, Quebrada Eneas, Quebrada del Desbarrandero, Quebrada Moralón, Quebrada de las Calabazas, Quebrada Larga, Quebrada Caimitos, Quebrada Guamá, Quebrada de los Robles, Quebrada Peralonzo, Quebrada Honda, Quebrada Salto, Quebrada de Hato Arriba, Quebrada Cordero, Quebrada del Capá, Quebrada de Piedra Prieta, Quebrada del Sonador, Quebrada de Juan Arbelo, Quebrada de la Emajagua, Quebrada Alto Sano, Quebrada de Manuel Guar, Quebrada de la Macedonia, Quebrada Jobo, Quebrada del Salto, Quebrada Vega Chiquita, Quebrada de las Cañas, Quebrada de las Garzas, Quebrada de Carlos González, Quebrada del Espino, Quebrada de Barreta y Quebrada del Guar.